Prošle su tri godine od događaja zbog kojeg su Boruto i Kawaki zamijenili mjesta u svijetu ninja. Dok Boruto trenira sa Sasukeom, "Ten-Tails" prolaze kroz zastrašujuću transformaciju u bića "Shinju" koja imaju vlastitu svijest. Ove nove prijetnje svijetu moraju se zaustaviti, ali Boruto će prvo morati preživjeti ninje vlastitog sela koji ga sada vide kao neprijatelja.