Veliki dio obrambenog sustava odvija se u crijevima. U crijevnom traktu, u sofisticiranom balansu, žive i korisne (dobre) i patogene (loše) bakterije. To je potpuno normalno i bezopasno jer dobre bakterije drže loše pod kontrolom i sprječavaju njihov rast. Kao najučinkovitije pomagače u crijevnoj flori izdvojene su bakterije mliječne kiseline (laktobacili i bifidobakterije).