Duboko u dvadeset i prvom stoljeću, granica između čovjeka i stroja je zamagljena jer se ljudi oslanjaju na poboljšanje mehaničkih implantata, a roboti se nadograđuju ljudskim tkivom. U ovom brzo konvergirajućem krajoliku, kiborg superagentica bojnica Motoko Kusanagi zadužena je za pronalazak najlukavijih i najopasnijih terorista i kibernetičkih kriminalaca, uključujući "ghost hackere" koji su sposobni iskoristiti sučelje čovjek/stroj i reprogramirati ljude da postanu marionete za provođenje kriminalnih ciljeva hakera.